As Freguesias na sua génese inicial tiveram origem nas paróquias. Recuando ao século XII, podemos constatar que a Vila de Torres Vedras era dividida por quatro freguesias: São Pedro, Santa Maria do Castelo, São Miguel e São Tiago, dividindo ainda entre si outros territórios adjacentes.
Com o decorrer do tempo as freguesias foram sofrendo alterações, tendo-se verificado a agregação das freguesias de São Pedro e Santiago e das freguesias de Santa Maria do Castelo e São Miguel. Por todo o Concelho foram aparecendo diversas freguesias, sendo uma delas a de Matacães.
O seu nome surgiu devido ao facto de durante as guerras da reconquista cristã, entre as tropas de D. Afonso Henriques e os mouros, os cristãos caíram em cima do inimigo, ecoando frases como “mata esses cães”.
No âmbito da reforma administrativa e de acordo com a Lei n.º 11-A/2013, agregaram-se as antigas freguesias de São Pedro e Santiago, Santa Maria do Castelo e São Miguel e Matacães.
Esta agregação acabou com uma das particularidades do concelho de Torres Vedras: o facto de até aí ter tido duas das poucas freguesias portuguesas territorialmente descontínuas (São Pedro e Santiago; Santa Maria do Castelo e São Miguel), tendo a peculiaridade adicional de cada uma delas consistir em duas partes que se tocavam num vértice comum (Ponte de São Miguel, sobre o Rio Sizandro).

Com esta agregação, a denominação oficial da freguesia, passou então a ser União das Freguesias de Torres Vedras (São Pedro e Santiago e Santa Maria do Castelo e São Miguel) e Matacães. Contudo e devido à extensão deste nome foi dado início à alteração do nome, tendo sido criada uma comissão em assembleia de freguesia e efetuado inclusive uma consulta à população, ficando decidido que a designação da freguesia seria a seguinte: Freguesia de Santa Maria, São Pedro e Matacães.
Este nome foi tornado oficial, após publicação em diário da república com a Lei n.º 88/2015 de 10 de agosto.